中国科学研究院目前已初步构建了以科研为主的集科研、教育、产业、资本为一体的微型协同创新生态系统，由六个研究所（先进集成技术研究所、生物医学与健康工程研究所、先进计算与数字工程研究所、生物医药与技术研究所、广州中国科学院先进技术研究所（筹）、中国科学院深圳先进院-麻省理工学院麦戈文联合脑认知与脑疾病研究所（筹））、一所特色学院（深圳先进技术学院）、四个特色产业育成基地（深圳蛇口机器人基地、深圳龙岗低成本健康基地、深圳李朗云计算与物联网基地、上海嘉定电动汽车基地）、一支天使基金（中科育成）和三支风投基金（中科明石、中科道富、中科昂森）、多个具有独立法人资质的新型专业科研机构（深圳创新设计研究院、深圳北斗应用技术研究院、济宁中科先进技术研究院）组成，设有学术委员会、学位委员会和工业委员会。
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